Dinamica molecular

Herramienta web para análisis de Dinámica molecular (DM): Modelo de electroporación de membranas celulares Tesis presentada para optar al titulo de Licenciada en Ciencias de la Computación

 

La simulación computacional de moléculas o estructuras biológicas es una poderosa herramienta que permite modelar aquellos fenómenos producidos en la experimentación de laboratorio. Las simulaciones in silico son un complemento para analizar los resultados obtenidos por otros métodos ya sea porque permiten simular escenarios que por su escala nanométrica son difíciles de analizar en el laboratorio o porque permiten una variedad de condiciones que por su costo no serían viables a la hora de desarrollar un protocolo experimental, lo que agrega una nueva dimensión en la producción de resultados.  Una de las estrategias más utilizadas para realizar modelos y ponerlos a prueba es Smediante la técnica de dinámica molecular (DM).

https://www.dc.uba.ar/academica/tesis-de-licenciatura/2015/borgna.pdf

 

 Para tomar dimensión de la importancia de la DM se cita el siguiente artículo Signifi cance of Molecular Dynamics Simulations for Life Sciences publicado por Martin Karelis y Richard Valery (Martin Karelis obtuvo junto a Michael Levitt y Ariel Warhol el Premio Nobel de Química en el año 2013) donde se muestra con diferentes ejemplos como la DM es capaz de aportar significativamente a las ciencias de la vida.  [Karelis and Valery,  2014].

Técnicamente la DM resuelve de manera numérica las leyes de movimiento de Newton para un sistema de N partículas que interaccionan, describiendo de manera temporal y en detalle el movimiento y la trayectoria de estos (´átomos, conjunto de ´átomos, moléculas o conjuntos de moléculas), así como sus interacciones luego de fijadas las condiciones experimentales para la simulación.  De esta manera provee el movimiento de partículas individuales en función del tiempo siguiendo las leyes de la física clásica.

Existen una variedad de desarrollos computacionales utilizados para simulación que incorporan cálculos de mecánica molecular clásica como DM. En este trabajo se utilizaron resultados obtenidos por simulación y modelado molecular generados por Gromacs,, que es una herramienta que realiza DM y minimización de la energía [Abraham, van de Sople, Lindel, Hess, and the GROMACS development team, 2014]. Esta herramienta es de uso libre y es una de los más utilizados para la simulación de membranas mediante DM,

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